PukiWiki 1.4.4 に関しては、少し前にアップグレードを 試みたのですが、サーバからエラーが帰ってくるばかりで、 うまくいかず、そのとき時間もなかったこともあってほったらかしにして、 アップグレードがついこの前になったという次第です。

 結局その原因はというと PukiWiki.org続 ・質問箱/487 にあるのが原因で、 1.4.4 から各ディレクトリのアクセス制御を .htaccess ファイルで行っていて、 トップディレクトリの .htaccess の記述に、サーバ側の apache が 対応していなかったことでした。
 インストールのページ ばかりみていたので、対処法があることに気がつかず、 ずいぶん時間がかかってしまいました。
 PukiWiki 1.4.4 以降が うまく動かないようでしたら、是非一度上記のドキュメントを読んでみることをおすすめします。