これまで PukiWiki の引っ越しや、 バージョンアップでは、ごちゃごちゃやって動くには動くんですが、 どうもいまいちうまくいってなかったことが多かったようなのですが、調べてみると 基本はコピーして、パーミッションの設定だけでいいみたい。 
chmod 777 attach backup cache counter diff trackback wiki
chmod 755 image lib plugin skin
chmod 755 image/face
chmod 644 .htaccess .htpasswd */.htaccess *.php */*.php */*.html
chmod 666 attach/* backup/*.gz backup/*.txt cache/*
chmod 666 counter/* diff/*.txt wiki/*.txt image/* image/face/* lib/* plugin/* skin/*
　何事も下調べは肝心だ。。。 orz